Dua tahun setelah peristiwa Perang Ninja Besar Keempat, bulan yang Hagoromo Otsutsuki ciptakan sejak lama untuk menyegel Patung Gedo mulai turun ke dunia, mengancam untuk menjadi meteor yang akan menghancurkan segala sesuatu yang terkena dampak. Di tengah krisis ini, keturunan langsung Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki mencoba untuk menculik Hinata Hyuga tetapi akhirnya menculik adik perempuannya Hanabi. Naruto dan sekutunya sekarang melakukan misi penyelamatan sebelum menemukan diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib segalanya.

Ditugaskan pada misi untuk menangkap Mukade, seorang hilang-nin, Naruto Uzumaki berangkat ke reruntuhan bersejarah “Ouran” yang dulu mulia, tempat ia mengejar dan memojokkan ninja pemerah pipi. Tujuan Mukade dinyatakan sebagai leyline yang tidak aktif di dalam reruntuhan; ia melepaskan kekuatan leyline, menyebabkan cahaya untuk menyelimuti Naruto, mengirimnya ke masa lalu, 20 tahun sebelum seri dimulai. Ketika Naruto bangun, dia bersentuhan dengan Hokage Keempat, Minato Namikaze.

Sekelompok ninja misterius membuat serangan mendadak pada Konohagakure, yang membutuhkan kerusakan besar. Mimpi buruk Perang Dunia Shinobi lain bisa menjadi kenyataan. Sasuke, yang masih nin hilang dari Konoha mencoba membunuh saudaranya, Itachi, muncul untuk kedua kalinya di depan Naruto di lokasi yang tidak diketahui untuk mencegah hal itu terjadi.