Kota ini membutuhkan pahlawan. Darkness telah menetap di New York City karena Shredder dan Foot Clan-nya yang jahat memiliki pegangan besi dalam segala hal mulai dari polisi hingga politisi. Masa depan suram sampai empat bersaudara yang keluar dari selokan dan menemukan nasib mereka sebagai Teenage Mutant Ninja Turtles. Turtles harus bekerja dengan reporter tak kenal takut April dan kameramennya yang bijaksana, Vern Fenwick untuk menyelamatkan kota dan mengungkap rencana jahat Shredder.

Ketika tekanan untuk menjadi bangsawan menjadi terlalu besar bagi Mal, ia kembali ke Isle of the Lost di mana musuh bebuyutannya, Uma, putri Ursula, telah mengambil tempatnya sebagai ratu yang diproklamirkan sendiri.